สภาพอากาศอาจทำให้ทริปไม่เป็นตามแผนหากคุณต้องการเดินทางไปยัง ซานฮวน และรู้หรือไม่ว่า ที่พักหลายๆ แห่งราคาถูกในช่วงอากาศไม่ดี เดือนที่มักจะร้อนที่สุด คือ พฤษภาคมและเมษายน โดยมีอุณหภูมิเฉลี่ย 28°C ส่วนเดือนที่หนาวที่สุด คือ มกราคมและกุมภาพันธ์ โดยมีอุณหภูมิเฉลี่ย 26°C ที่ ซานฮวน ช่วงที่ฝนตกหนักสุดคือสิงหาคม, กรกฎาคม, กันยายน และมิถุนายน โดยแต่ละเดือนมีประมาณน้ำฝนโดยเฉลี่ย 579 มิลลิเมตร