ไคโรยุคกลางหรือที่รู้จักกันในชื่อฟาติมิดไคโร ก่อตั้งขึ้นในปี 969 เพื่อเป็นที่ประทับของราชวงศ์ฟาติมียะห์ ในขณะที่เมืองหลวงทางเศรษฐกิจและการบริหารที่แท้จริงอยู่ในเมืองฟุสตัทที่อยู่ใกล้เคียง หลังจากที่ Fustat ถูกทำลายในปี 1168/9 เพื่อป้องกันไม่ให้พวกครูเสดยึดครอง เมืองหลวงของอียิปต์ก็ย้ายไปที่ไคโร ซึ่งยังคงหลงเหลืออยู่นับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา ถนน Muizz ตัดผ่านเมืองอิสลามไคโร และมีตลาดสดและสถาปัตยกรรมอิสลามอยู่เป็นจำนวนมาก รองจากเมืองเมมฟิส เฮลิโอโปลิส กิซ่า และป้อมปราการไบแซนไทน์แห่งบาบิโลนในอียิปต์ เมืองฟุสตัทเป็นเมืองใหม่ที่สร้างขึ้นเพื่อเป็นกองทหารรักษาการณ์สำหรับกองทหารอาหรับ