ประวัติศาสตร์ของโบสถ์แห่งนี้มีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการพัฒนาเมืองอัลกาลา นอกจากนี้ยังได้รับการคุ้มครองจากอาร์คบิชอปแห่งโตเลโดในฐานะสถานที่ศักดิ์สิทธิ์อีกด้วย มีการสร้างโบสถ์ขึ้นบนที่ตั้งของสถานที่พลีชีพโบราณ โบสถ์แห่งนี้ได้รับการบูรณะใหม่โดย โรดริโก ฮิเมเนซ เด ราดา ผู้เป็นกำลังสำคัญในการก่อสร้างมหาวิหารโตเลโด และต่อมาเป็นที่รู้จักในชื่อ โบสถ์น้อยของอาร์คบิชอป ต่อมาได้รับการขยายเพิ่มเติมโดยอาร์คบิชอป การ์เซีย กูเดียล ในปี ค.ศ. 1290 ตามคำขอของอาร์ชบิชอปการ์ริลโล โบสถ์แห่งนี้ได้รับการยกฐานะเป็นโบสถ์วิทยาลัยในปี ค.ศ. 1477 โดยพระราชโองการของสมเด็จพระสันตะปาปาซิซตุสที่ 4

พระคาร์ดินัลผู้ยิ่งใหญ่ชาวสเปน เปโดร กอนซาเลซ เด เมนโดซา ได้นำยุคเรเนสซองส์มาสู่โบสถ์แห่งนี้ และนำมาซึ่งความเปิดกว้างต่อแนวคิดใหม่ๆ สำหรับแคว้นกัสติยา ในช่วงเวลานั้นเอง ในวันที่ 15 ธันวาคม ค.ศ. 1485 สมเด็จพระราชินีอิซาเบลลาที่ 1 แห่งกัสตีลยาได้ทรงให้กำเนิดเจ้าหญิงแคทเธอรีน ณ เมืองอัลกาลา ซึ่งต่อมาคือเจ้าหญิงแคทเธอรีนแห่งอารากอน และทรงรับศีลล้างบาปในอีกแปดวันต่อมา ณ โบสถ์ประจำวิทยาลัย (ปัจจุบันเป็นมหาวิหารตั้งแต่ปี ค.ศ. 1991) โดยพระคาร์ดินัลเมนโดซาเป็นผู้ประกอบพิธีเอง พระมหากษัตริย์คาทอลิก เฟอร์ดินานด์และอิซาเบลลา พร้อมด้วยพระโอรสและพระธิดา ได้แก่ เจ้าชายฮวน ซึ่งขณะนั้นมีพระชนมายุเจ็ดพรรษา และเจ้าหญิงฮวนนา อิซาเบล และมาเรีย เสด็จเข้าร่วมพิธีศีลล้างบาป

อารามซานเบอร์นาร์โด ซึ่งเป็นหนึ่งในสถานที่สำคัญทางศาสนาที่สุดในศตวรรษที่ 17 ในเมืองอัลกาลา เด เอนาเรส ก่อตั้งโดยพระคาร์ดินัลอาร์คบิชอปแห่งโตเลโด นามว่า เบอร์นาร์โด เด ซานโดวัล อี โรฮาส

ภายในอาคารนั้นน่าประหลาดใจอย่างยิ่ง เพราะเป็นการออกแบบที่จงใจให้แตกต่างอย่างสิ้นเชิงจากภายนอกที่เรียบง่ายคล้ายม่าน ด้วยรูปทรงวงรีและโดมวงรีอันงดงามที่ครอบคลุมอยู่ ซึ่งเป็นโดมวงรีที่ใหญ่ที่สุดในสเปน

อาคารนี้เป็นผลงานของสถาปนิก ฆวน โกเมซ เด โมรา ซึ่งเป็นปรมาจารย์ที่สำคัญที่สุดในยุคของเขา ฮวน โกเมซ เด โมรา มีความเกี่ยวข้องกับสถาปัตยกรรมหลวงของพระเจ้าเฟลิเปที่ 2 ผ่านทางครอบครัวและการฝึกฝนของเขา แม้ว่าผลงานของเขาเองส่วนใหญ่จะดำเนินการในรัชสมัยของพระเจ้าเฟลิเปที่ 3 และพระเจ้าเฟลิเปที่ 4 ก็ตาม

ในระหว่างการก่อสร้างโบสถ์แห่งนี้ ฮวน โกเมซ เด โมรา ได้สลับการทำงานของเขากับโครงการของราชวงศ์ เช่น การมีส่วนร่วมในวิหารของอารามเอล เอสกอเรียล และวิทยาลัยหลวงของคณะเยซูอิตในซาลามันกา

โบสถ์แห่งนี้ใช้แบบอย่างจากโบสถ์ Sant'Anna dei Palafrenieri ในกรุงโรม ซึ่งออกแบบโดย Vignola โดยมีพื้นฐานมาจากตำราสถาปัตยกรรมของ Serlio อีกทีหนึ่ง