สถานที่ที่สุสานใต้ดินซาน เซบาสเตียโนตั้งตระหง่านอยู่ในสมัยโบราณเป็นที่ลุ่มลึก ใช้เป็นเหมืองปอซโซลานา และเรียกว่า ad catacumbas (หรือ “ใกล้โพรง”) ซึ่งเป็นชื่อที่มีความหมายเหมือนกันกับสุสานใต้ดิน

ตั้งแต่ศตวรรษแรก พื้นที่นี้ถูกใช้ประโยชน์และสร้างอย่างเข้มข้น โดยห้องแสดงภาพใต้ดินถูกนำมาใช้ซ้ำเพื่อใช้เป็นช่องฝังศพ อย่างไรก็ตาม บนพื้นผิวภายนอกกลับมีการสร้างโคลัมบาเรียหลายแห่งและระบบที่อยู่อาศัยอย่างน้อยสองระบบ (ที่เรียกว่าวิลล่าขนาดเล็กและวิลล่าขนาดใหญ่ ) พร้อมด้วยการตกแต่งผนังด้วยภาพอันโดดเด่น

ประมาณกลางศตวรรษที่ 2 ก้นหุบเขาถูกฝังไว้เพื่อสร้างสนาม โดยด้านหนึ่งมีสุสานสามแห่งที่ถูกสร้างขึ้นอย่างต่อเนื่อง (โดย Clodius Hermes โดย Innocentiores โดยขวาน)

มีการฝังศพเพิ่มเติมในพื้นที่เพื่อให้มีพื้นที่ในการก่อสร้าง Trilia ซึ่งเป็นระเบียงที่ล้อมรอบด้วยกำแพงซึ่งมีข้อความกราฟฟิตีจำนวนมากจ่าหน้าถึง SS เปโตรและเปาโลซึ่งได้สักการะกัน ณ ที่แห่งนี้ประมาณ 250 ปี

ในบริเวณนั้น จักรพรรดิคอนสแตนติน (306-337) มีมหาวิหารที่มีรูปร่างเหมือนละครสัตว์โรมัน (เรียกว่า “circiforme”)

ในขณะเดียวกันในศตวรรษที่สาม สุสานใต้ดินซึ่งเป็นที่ตั้งของหลุมฝังศพของผู้พลีชีพเซบาสเตียนและยูติชิโอเริ่มพัฒนาใต้ดิน